5 августа представители изданий "Открытые медиа" и "МБХ медиа", связанных с опальным олигархом Михаилом Ходорковским, объявили о прекращении своей работы. Такое решение было принято после того, как Роскомнадзор по требованию Генпрокуратуры заблокировал сайты, ссылаясь на статью 15.3 закона "Об информации, информационных технологиях и о защите информации": она позволяет блокировать сайты, которые содержат информацию с призывами к массовым беспорядкам, осуществлению экстремистской деятельности или участию в незаконных массовых мероприятиях.
Сами представители сайтов заявили, что точно не знают, какие именно материалы послужили причиной блокировки. Они уверены, что не публиковали никаких призывов. Ни Роскомнадзор, ни Генпрокуратура не уведомляли их о решении.
Также Роскомнадзор заблокировал сайты еще двух связанных с Ходорковским проектов – "Правозащита открытки" и премии "Профессия — журналист". "Правозащита открытки" также объявила о прекращении работы.
Сам Ходорковский заявил, что после блокировки вех трех сайтов "согласовал редакциям закрытие проектов в России".
"Озвученная причина „связь с нежелательными организациями“ (а на самом деле — со мной — гражданином России) означает высокий уровень персонального риска для журналистов", — написал Ходорковский в Telegram.
30 июля Роскомнадзор заблокировал сайт центра "Досье" — еще одного некоммерческого проекта Ходорковского, публикующего расследования о российских чиновниках и спецслужбах. В редакции высказали мнение, что блокировка не отразится на работе сайта центра "Досье", так как "в 2021 году все россияне уже разобрались, как пользоваться VPN".
В тот же день Роскомнадзор прислал основателю портала Gulagu.net Владимиру Осечкину уведомление о блокировке сайта проекта по требованию ФСИН и ФСБ. Осечкин заявил, что проект продолжит работу. Gulagu.net — общественный проект, созданный правозащитником Осечкиным в 2011 году. Проект освещает темы пыток и коррупции в российской исправительной системе, а также защиты прав заключенных.
26 июля Роскомнадзор заблокировал более 40 сайтов команды Алексея Навального и личных ресурсов его соратников. Под блокировку попал сайт самого Навального, расположенный в домене navalny.com, а также сайты его соратников Леонида Волкова, Любови Соболь (внесен(а) властями РФ в реестр иностранных СМИ, выполняющих функции иностранного агента), Олега Степанова, проекты Фонда борьбы с коррупцией (власти РФ внесли эту организацию в реестр НКО, выполняющих функции иностранного агента) (власти РФ внесли эту организацию в реестр причастных к терроризму и экстремизму) в том числе ресурсы "РосЯма" и "РосЖКХ", а также штабы Навального (власти РФ внесли эту организацию в реестр причастных к терроризму и экстремизму) и к сайт профсоюза медработников "Альянс врачей".
23 июля минюст включил в список СМИ - "иностранных агентов" издание The Insider (власти РФ внесли эту организацию в реестр иностранных СМИ, выполняющих функции иностранного агента), а также пятерых работников СМИ. Это журналисты "Проекта" (власти РФ внесли эту организацию в реестр иностранных СМИ, выполняющих функции иностранного агента) Софья Гройсман (внесен(а) властями РФ в реестр иностранных СМИ, выполняющих функции иностранного агента), Михаил Рубин (внесен(а) властями РФ в реестр иностранных СМИ, выполняющих функции иностранного агента) и Юлия Апухтина (внесен(а) властями РФ в реестр иностранных СМИ, выполняющих функции иностранного агента), журналист "Открытых медиа" Илья Рождественский (внесен(а) властями РФ в реестр иностранных СМИ, выполняющих функции иностранного агента) и журналист Алексей Постернак (внесен(а) властями РФ в реестр иностранных СМИ, выполняющих функции иностранного агента).
18 июля правозащитное объединение "Команда 29" объявило о самоликвидации, после того 16 июля Роскомнадзор заблокировал как его сайт из-за того, что "Генпрокуратура отождествляет „Команду 29“ с зарегистрированной в Чехии НКО Společnost Svobody Informace, включенной в перечень нежелательных организаций".
Чешскую неправительственную организацию Spolecnost Svobody Informace ("Общество свободы информации"), учредителями которой были глава "Команды 29" Иван Павлов (внесен(а) властями РФ в реестр иностранных СМИ, выполняющих функции иностранного агента) и старший юрист объединения Дарья Сухих, Генпрокуратура признала нежелательной 29 июня.
В числе подзащитных "Команды 29", помимо Ивана Сафронова, были бывший топ-менеджер "Интер РАО" Карина Цуркан, которую обвиняли в шпионаже, а также обвиняемый в госизмене Виктор Кудрявцев. Адвокаты проекта представляли интересы ФБК и штабов Алексея Навального в процессе по признанию их экстремистскими организациями.
15 июля издание "Проект" и его юридическое лицо Project Media, Inc. ("Проект Медиа") были признаны "нежелательной организацией". Журналисты издания, в том числе главред Роман Баданин (внесен(а) властями РФ в реестр иностранных СМИ, выполняющих функции иностранного агента), а также Ольга Чуракова (внесен(а) властями РФ в реестр иностранных СМИ, выполняющих функции иностранного агента), Юлия Лукьянов, Петр Маняхин (внесен(а) властями РФ в реестр иностранных СМИ, выполняющих функции иностранного агента) ) и Мария Железнова (внесен(а) властями РФ в реестр иностранных СМИ, выполняющих функции иностранного агента) были внесены в список СМИ-"иностранных агентов". Также в список "иностранных агентов" попали главный редактор "Открытых медиа" Юлия Ярош (внесен(а) властями РФ в реестр иностранных СМИ, выполняющих функции иностранного агента) и ее заместитель Максим Гликин (внесен(а) властями РФ в реестр иностранных СМИ, выполняющих функции иностранного агента), а также журналист "Радио Свобода" (власти РФ внесли эту организацию в реестр иностранных СМИ, выполняющих функции иностранного агента) Елизавета Маетная (внесен(а) властями РФ в реестр иностранных СМИ, выполняющих функции иностранного агента). В конце июля стало известно, что Баданин и его заместитель Михаил Рубин уехали из России и находятся в США, в Нью-Йорке издание продолжит работу из-за границы.
9 июня Мосгорсуд по иску столичной прокуратуры признал ФБК, ФЗПГ и штабы Навального экстремистскими организациями. Запрет деятельности организации по решению суда вступил в силу немедленно.
23 апреля "Медузу" (власти РФ внесли эту организацию в реестр иностранных СМИ, выполняющих функции иностранного агента) и Первое Антикоррупционное СМИ (власти РФ внесли эту организацию в реестр иностранных СМИ, выполняющих функции иностранного агента)включили в список СМИ-иноагентов.
Впоследствии выяснилось, что жалобу на то, что "Медуза" получает иностранное финансирование, в Роскомнадзор написал бывший член Общественной наблюдательной комиссии Александр Ионов. В обращении Ионова отмечалось, что издание "финансируется на гранты как минимум двумя иностранными НКО: SIDA и OAK Foundation". Кроме того, он написал, что в 2019 "Медуза" выиграла латвийский государственный тендер на рекламу туризма, получив в рамках этого контракта 74 300 евро.