Утром 16 сентября на границе Кыргызстана и Таджикистана началось вооруженное столкновение. Бишкек обвинил таджикскую сторону в атаке военных и гражданских объектов в Баткенской области республики с использованием тяжелой военной техники. Душанбе в свою очередь заявил, что первыми огонь открыли кыргызстанские пограничники. МЧС Кыргызстана объявило об эвакуации жителей приграничных районов. Свои дома стали покидать жители как минимум семи кыргызских сел.